主要职责：负责机关日常运转，承担文电、会务、机要、档案、年鉴等工作。承担保密、信息、政府信息公开、建议议案提案办理等工作。承担重要事项的组织和督查工作。
主要职责：拟订本市卫生健康事业中长期发展规划及区域卫生健康规划，承担统筹优化卫生健康服务资源配置工作，指导卫生健康公共服务体系建设。拟订医疗卫生单位建设标准，编制所属单位基本建设年度计划、重点建设项目并指导实施。负责卫生健康统计管理，组织开展统计调查与分析。承担推进京津冀卫生健康协同发展有关工作。
主要职责：承担卫生健康事业发展重大问题的调查研究，提出有关政策建议。负责卫生健康方面综合性重要文稿起草工作。组织起草卫生健康有关地方性法规草案、政府规章草案。负责地方卫生标准化工作。负责机关推进依法行政综合工作。承担行政复议和行政应诉的有关工作。承担机关规范性文件的合法性审核和有关备案工作。协调推进本市卫生健康领域行政审批制度改革、优化营商环境有关工作。综合协调卫生健康领域行政许可和政务服务工作。
主要职责：承担协调推进本市深化医药卫生体制改革具体工作，组织拟订医药卫生体制改革实施方案及有关配套政策，研究解决医药卫生体制改革中的重点难点问题，对改革进展和效果开展评价。组织推进深化本市公立医院综合改革，健全现代医院管理制度。
主要职责：拟订职业卫生、放射卫生有关政策、标准并组织实施。组织开展本市重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作。协调开展职业病防治工作。综合协调公共卫生管理工作，拟订公共卫生服务和管理规划并组织落实。拟订重大疾病、慢性病防控管理政策措施并监督实施。推进精神卫生体系建设，拟订精神卫生的政策规划、技术标准并组织实施。组织开展慢性病和精神类疾病的监测、报告和预防性干预管理。
主要职责：研究提出本市医疗机构设置规划建议。负责医疗卫生行风建设，推动建立和谐医患关系。负责医疗机构、医疗技术应用、从业人员的准入工作。组织拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量、医疗安全，以及医疗、康复、护理服务的有关政策、标准、规范并组织实施。承担推进护理、康复事业发展工作。拟订医务人员服务规范并监督实施。拟订医疗机构的运行监管、绩效评价和考核制度。拟订鼓励社会力量提供医疗卫生服务和强化管理的有关政策措施并组织实施。推进本市国际医疗服务体系建设工作。
主要职责：拟订爱国卫生和健康促进工作的规划、政策措施以及公众健康教育的目标、规划、政策、规范并组织实施。承担卫生健康科学普及工作。组织开展国家卫生城市、卫生乡镇创建和健康城市建设。统筹协调有关部门开展爱国卫生和健康北京建设工作。依法负责开展控烟工作和全市除“四害”的组织工作。
主要职责：负责本市城乡基层卫生健康工作综合管理。拟订基层卫生健康工作的发展规划、政策、标准、规范并组织实施。指导基层卫生健康服务体系建设和乡村医生有关管理工作。参与基层卫生人才队伍建设与实用技术的普及推广工作。
主要职责：承担本市医疗卫生应急体系、院前医疗急救体系的建设和管理工作。统筹协调本市传染病疫情应对工作。组织指导各类突发公共事件的医疗救治和紧急医学救援工作。组织协调重要会议、重大活动的医疗应急保障工作。组织拟订卫生应急物资储备目录，统筹协调卫生应急物资储备和调拨管理。拟订采供血机构以及血液管理的有关政策、标准、规范并组织实施。
主要职责：拟订本市卫生健康科技发展规划和科技成果转化有关政策并组织实施。组织开展有关科研项目、新技术评估管理、科研基地建设。组织指导毕业后医学教育和继续医学教育，参与拟订医学教育发展规划，协同指导医学院校教育。建立并组织实施住院医师规范化培训制度和专科医师培训制度。负责病原微生物实验室生物安全监督管理。承担对市属卫生科研院所的业务管理。
主要职责：负责本市医疗机构药事与医疗器械管理工作。组织实施国家药物政策和国家基本药物制度。开展药品和医疗器械使用监测、临床综合评价、合理用药和短缺药品预警等工作。负责创新药械在医疗机构内部推广使用的管理。拟订大型医用设备配置管理办法和标准并组织实施。参与处理医疗机构内药品、医疗器械突发不良事件。
主要职责：组织实施食品安全国家标准。组织拟订、发布食品安全地方标准。负责食品企业标准备案工作。组织开展食品安全风险评估工作，会同有关部门开展食品安全风险监测。
主要职责：组织拟订并协调推进本市应对人口老龄化有关卫生健康方面的政策措施。拟订医养结合的政策、标准、规范并组织实施，建立和完善老年健康服务体系。
主要职责：拟订本市妇幼卫生健康服务政策、技术标准、规范并组织实施。推进妇幼健康服务体系建设。承担妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展和生育技术服务工作
主要职责：承担本市出生人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议，监测与生育相关的人口发展动态，提出发布人口生育安全预警建议。完善本市生育政策并组织实施，完善和落实本市计划生育特殊家庭扶助制度。组织拟订本市3岁以下婴幼儿托育服务的政策、规范，协调有关部门对婴幼儿托育服务机构进行监督管理。
主要职责：拟订本市卫生健康宣传的目标、计划和政策，承担新闻发布、宣传报道、舆情监测和舆论引导工作。负责本系统意识形态、思想政治和精神文明建设工作。组织开展卫生健康重大政策的社会稳定风险评估。统筹推进医疗机构医务社工工作。
主要职责：组织指导本市卫生健康工作方面的国际交流合作，组织实施卫生援外工作。组织国际医学交流、国际医学会议和国际科技合作。承担与港澳台地区卫生健康合作交流有关工作。承担本系统外事工作。
主要职责：研究起草本市干部保健工作规划和政策措施并监督实施。负责本市保健对象、医疗关系在本市的中央单位保健对象的医疗保健工作。组织协调落实国家及本市重要会议、重大活动的医疗卫生保障工作。协调保健基地、专家队伍、专业人员和保健管理人才队伍建设工作。
主要职责：研究拟订本市卫生健康支援合作工作有关配套措施并协调实施。统筹协调、联系服务全市医疗卫生系统支援合作工作。督促检查本市卫生健康领域支援合作有关协议、议定事项的落实情况。
主要职责：统筹推进本市卫生健康网络安全和信息化建设工作，拟订卫生健康信息化发展规划、政策措施并组织实施。承担卫生健康大数据管理工作，协调推进信息互联互通与共享应用。
主要职责：以部门名义依法统一行使行政处罚权以及与行政处罚相关的行政检查、行政强制权等执法职能，依法查处重大疑难复杂案件和跨区域案件。拟订综合监督规划、计划、政策,开展考核评估。组织医疗卫生机构安全生产现场检查和医疗废物监督检查。承担全市卫生健康监督的信息化建设管理、监督信息统计等工作。组织落实国家和本市卫生健康监督抽检任务。
主要职责：组织拟订本市医疗卫生机构安全保卫工作措施、标准、规范并监督实施。负责机关及所属单位安全保卫管理，指导所属单位维护稳定和社会管理综合治理工作。督促指导有关单位履行安全管理职责。承担接诉即办和信访工作。
主要职责：负责北京地区卫生健康总费用的核算及财政投入的监测。负责编报部门预决算和管理资金的使用。负责机关及所属单位财务、政府采购、国有资产管理等工作。参与拟订本市医疗卫生健康事业经费保障机制的有关政策。
主要职责：组织实施内部审计工作，对机关及所属单位、市属医院进行审计和审计调查，按规定承担有关领导干部经济责任审计工作。承担有关专项审计工作。
主要职责：按照干部管理权限负责本系统有关干部工作。承担机关及所属单位人事、机构编制等工作。组织卫生系列专业技术资格（任职资格）考试评审工作。
主要职责：拟订本市卫生健康发展规划、人才政策并组织实施。统筹卫生健康系统人才工作，承担人才引进、培养和服务管理工作。负责人才项目管理工作。
主要职责：负责机关及所属单位、市属医院的党群工作。承担市卫生健康委党委落实全面从严治党主体责任的具体工作。承担协调指导公立医院党建、指导社会办医院党建的有关工作。
主要职责：承担机关及所属单位、市属医院的纪检、党风廉政建设工作。承担党委巡察工作规划计划和规章制度拟订工作并组织实施。
主要职责：离退休负责机关及所属单位离退休人员的管理服务工作。