食管闭锁作为一种罕见的先天性畸形，很多学者都在尝试了解它发生的原因，这也是家长经常咨询的一个问题。但遗憾的是，关于食管闭锁的病因目前并没有一个确切的说法。学术界存在多个相互独立的学说来尝试解释食管闭锁的发病机理，但没有一个统一的观点。这些假说包括了基因、环境以及基因与环境的相互作用等多种因素。所以这个一直困扰着家长的大问题连医生也不能说明白。

摆在学者们面前的第一个难题就是我们对正常的食管胚胎发育过程知之甚少。关于食管闭锁的发生原因和机制，历史上曾有过一段争议。在很早之前有学者就了解到气管和食管都是由人体胚胎时期一个叫做前肠的结构发育而来。但是并没有人知道前肠是在什么时候通过什么过程发育为气管和食管的。人体胚胎学之父威尔森（瑞士 1880年）认为前肠早期是一个单孔形状的管道，在发育过程中逐渐在两个内侧壁生长出一个分隔，并将前肠分割为前后两个独立的管道。前面的管道最终发育为气管，后面的管道最终发育成为食管。所以这个理论认为如果分隔不能完全将气管和食管分开就会生成气管食管瘘。

可是这个理论并没有经受住时间的考验。更多的学者重新观察了一遍人体早期的胚胎结构，并没有发现威尔森描述的这个分隔。另外一位叫做克鲁斯（德国 1987年）的学者使用更加先进的显微镜观察了鸡的胚胎后也没有找到所谓的分隔。之后前肠分隔学说这个简单但是并不准确的理论逐渐淡出了人们的视野。

克鲁斯在推翻了威尔森的理论之后建立了一套新的理论（前肠空泡化-再通理论）来解释食管闭锁的发生机理。简单来说前肠在胚胎期可能会因为很多因素而阻塞，如果胚胎在发育过程不能将阻塞的组织再疏通为管道就会形成食管闭锁。这个新理论能解释食管内有隔膜导致的食管闭锁，但是食管隔膜只占食管闭锁很少一部分，其他类型食管闭锁的形成原因仍不为所知。之后又有学者认为食管闭锁是一个复杂疾病“头神经嵴病”的一部分。因为他们注意到有一个系列畸形（包括心血管畸形、胸腺、甲状腺及面部畸形和食管闭锁）的形成都和这个神经嵴相关。显然这个看似复杂的理论也不能解释食管闭锁的病因，毕竟有部分的食管闭锁病人没有合并畸形。

另外关于环境因素方面，有人用阿霉素（一种抗肿瘤药物）在实验室制造出了患有食管闭锁合并气管食管瘘的动物模型，并且用这个模型衍生出了更多和食管闭锁形成相关的理论。而在遗传领域，研究者们发现了部分食管闭锁和染色体及基因异常有关，但是这些异常的变化也不能明确地告诉人们食管闭锁的发生原因。

尽管有众多学者在不断努力揭示食管闭锁的发生原因，但我们能得到的知识仍然非常有限，我们只能大概的知道食管的发育除了受到自身基因的控制也会受到环境因素的影响，任何自身基因的异常和环境因素的变化如果影响到了食管发育均有可能导致食管闭锁的发生。

在这种情况下也不难理解很多父母在得知自己的孩子得了食管闭锁之后的深深自责。他们有的怀疑自己在食物或者药物的使用方面存在失误，有的甚至怀疑自己的基因存在缺憾进而遗传给了小孩，更加焦虑的父母甚至都没有勇气再次孕育自己的下一个宝宝。

但作为医生，我们想告诉家长：在各个研究领域中，我们并没有发现任何一种食物与食管闭锁的发生有关，就算是药物导致食管闭锁的情况也是极端罕见的，所以父母们无需太过自责，与其将时间浪费在思索过去的原因上不如去学习更多关于治疗疾病的知识，把寻找病因这个难题交给更加专业的学者来解决。