HBV感染的自然史主要取决于病毒和宿主相互作用，其中HBV感染时的年龄是影响慢性化的主要因素之一。

1、新生儿及1岁以下婴幼儿的HBV感染慢性化风险为90%，我国HBV感染者多为围生期或婴幼儿时期感染。HBV母婴阻断在全球取得了巨大成功。我国对HBsAg阳性母亲的新生儿已全面推广联合免疫（乙型肝炎疫苗联合HBIG）等措施，但仍有约5%~7%新生儿发生母婴传播，其中HBeAg阳性孕妇中为7%～11%，HBeAg阴性孕妇中为0～1%。

2、慢性HBV感染的自然史根据自然病程一般可划分为4个期：即免疫耐受期（慢性HBV携带状态）、免疫清除期（HBeAg阳性CHB）、免疫控制期（非活动HBsAg携带状态）和再活动期（HBeAg阴性CHB)。并非所有慢性HBV感染者都经过以上4个期。青少年和成年时期感染HBV，多无免疫耐受期，直接进入免疫清除期。

3、年龄<40岁、ALT升高、HBV A基因型和B基因型者免疫清除期患者可出现自发性HBeAg血清学转换，年发生率约为2%～15%HBeAg血清学转换后，每年约有0.5%～1.0%发生HBsAg清除。研究显示，HBsAg消失10年后，约14%的患者肝脏中仍可检测出cccDNA。

4、年龄>50岁，或已有肝硬化，或合并HCV或HDV感染者，即使HBsAg消失，仍有可能发生肝细胞癌，但发生率较低。

5、未经抗病毒治疗CHB患者的肝硬化年发生率为2%～10%，危险因素包括宿主（年龄较大、男性、发生HBeAg血清学转换时>40岁、ALT持续升高，病毒（HBV DNA >2 000 IU/mL），HBeAg持续阳性，C基因型，合并HCV、HDV或HIV感染，以及合并其他肝损伤因素（如嗜酒或肥胖等）。

6、代偿期肝硬化进展为失代偿期的年发生率为3%～5%，失代偿期肝硬化5年生存率为14%～35%。非肝硬化HBV感染者的肝细胞癌年发生率为0.5%～1.0%。肝硬化患者肝细胞癌年发生率为3%～6%。

7、肝硬化、合并糖尿病、直系亲属中有肝癌者、血清HBsAg高水平、接触黄曲霉毒素等均与肝癌高发相关。

8、较低的HBsAg水平常反映宿主对HBV复制和感染具有较好的免疫控制能力。研究显示，即使HBeAg阴性、HBV DNA低水平，不论B基因型还是C基因型，HBsAg水平较高（≥1 000 IU/mL）者发生肝癌的风险仍较高。